블랙 트레인에 의해 전 세계에 걸쳐 발발한 '괴물'—반현실 재앙으로 인류가 멸종 위기에 몰린 지 200년. 일본은 '아카데미'라 불리는 반현실 조직에 의해 재건되었다.

하지만 평화로운 세상 아래에는 언제나 어둠이 도사리고 있었다. 진실 추구를 명분으로 인간성을 저버린 '메이지'라 불리는 무법자들이 존재하는 것이다. 주인공 호즈키 엔쥬 역시 그러한 메이지이자, 인류의 적이다.

“내 아들아, 아카데미에 잠입하여 학생회장 요루노 사쿠라를 암살해라.” 엔쥬는 아버지의 명령에 경악한다. 그는 지금까지 친구 하나 없이 마법 연구에만 몰두했을 뿐이었다. 사회성이 떨어지고 세상 물정 모르는 그에게 평범한 학생 행세를 하며 아카데미에 잠입할 방법 따위는 없었다.

하지만 그를 더욱 충격에 빠뜨린 것은 ‘요루노 사쿠라’라는 이름이었다. 며칠 전 첫눈에 반했던 소녀, 바로 그의 첫사랑이었던 것이다