심포닉 레인의 배경은 매일같이 비가 내리는, 이탈리아의 정취가 물씬 풍기는 가상의 도시다. 그곳 주민들은 이 특별한 현상에 익숙해져, 비가 전혀 오지 않는 듯 평온하게 일상을 살아간다. 누구도 우산을 쓰거나 비옷을 입지 않는다.

이야기의 주인공은 17세의 크리스로, 유명한 피오바 공립 음악학교(이탈리아어: Scuola Comunale di Musica Piova)의 포르텔레 학생이다. 고향을 떠나 도시로 오면서 소꿉친구 아리에타와 헤어진 그는, 매주 편지를 주고받으며 그녀와 연락을 이어간다. 서로의 마음을 담은 이 편지들을 통해 크리스는 아리에타가 매주 써 보내는 글들을 소중히 간직한다. 서랍이 이 편지로 가득 차면 그녀에게 돌아가겠다고 약속했기 때문이다.

게임은 크리스의 3학년 때, 학교의 마지막 졸업 시험인 무대 공연을 몇 달 앞두고 시작된다. 기악 연주자인 그는 시험 자격을 얻기 위해 보컬 파트너를 찾아야 한다.

게임의 대부분을 차지하는 어드벤처 부분 외에도, 심포닉 레인에는 음악 시퀀스가 포함되어 있다. 여기서 플레이어는 현재 재생되는 곡에 맞춰 키보드의 건반을 정확한 타이밍에 눌러야 한다. 플레이어가 참여를 원치 않을 경우, 이 시퀀스들은 자동으로 전환될 수 있다.