HoneyComing의 이야기는 사랑이나 연애에 전혀 관심이 없는 남고생, 오가타 코이치로를 중심으로 펼쳐집니다. 그가 입학한 아이쿄 학원은 과거 '아이쿄 여학원'이라는 이름의 여학교였으며, 현재도 여학생 비율이 압도적으로 높습니다. 코이치로는 소꿉친구 카미조 아사히, 의붓여동생 오가타 미오, 그리고 가장 친한 친구인 시노자키 마사노리와 함께 학창 생활을 시작합니다. 그는 이내 같은 학교 선배인 마에조노 클라리사 사츠키, 시치리 유마, 그리고 계열 학교 후배인 타가야 마리노를 만나 친구가 됩니다. 과거 여학교였던 학교의 특성상, 이 학교에는 사랑과 연애에 대한 수업처럼 여학생 위주의 특정 수업들이 여전히 필수 과목으로 남아있습니다.

이 수업들은 '연애 수업'으로 불리며, 아이쿄 학원의 학생들은 사랑에 빠지는 법과 올바른 연애 기술을 배우기 위해 이 과목들을 필수적으로 수강해야 합니다. 각 수업에서는 남녀 두 명이 짝을 이루어 예를 들어 요리 같은 것을 함께 만들며, 시험에 통과하기 위해서는 좋은 의사소통을 형성해야 합니다. 또한 필기한 내용을 나중에 시험공부할 때 활용해야 하는 실기 시험도 있습니다. 이 수업 동안 아이쿄 학원 학생들과 인근의 계열 중학교 학생들이 함께 어우러져 최저 학년부터 최고 학년까지 총 여섯 학년이 참여합니다. 매번 양쪽 학교에서 각각 40명의 새로운 학생들이 '연애 수업'을 위한 특별반에 선발됩니다. 올해 특별반 학생들은 코이치로, 아사히, 클라리사, 미오, 유마, 마리노, 카오루, 마사노리, 그리고 히로코입니다. 이 반에는 두 명의 선생님이 배정되는데, 남학생 담당은 라이도 이치고, 여학생 담당은 쿠레바야시 츠카사입니다.