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주인공, 오오쿠라 유세이는 일본 재계를 대표하는 '화려한 일족' 오오쿠라 가의 말단에서 사생아로 태어났다.
자라나며 평범한 사람 정도의 꿈과 희망을 얻은 유세이는 성별을 속여 사쿠라코우지 루나를 섬김으로써 자신을 가두는 새장인 오오쿠라 가를 벗어나 꿈의 일부를 움켜쥐었다.
그러나 사소한 실수 때문에 움켜쥔 꿈을 놓치고, 갈 곳을 잃은 유세이는 형인 오오쿠라 이온에게 주워져 다시 새장 속의 새가 되었다.

유세이의 여동생 오오쿠라 리소나는 오오쿠라 가의 적자와 정실에게서 태어나, 거듭거듭 사랑받으며 소중하게 길러졌다.
부족한 것 하나 없이 자라온 리소나였지만, 몇 겹이고 겹쳐진 부모의 사랑은 이윽고 덩어리져 일그러진 고치가 되고, 번데기가 되기 전인 리소나를 감쌌다.
리소나가 그것을 눈치챘을 때 이미 그 고치는 자력으로 부술 수 없게 되었다. 아늑한 고치 안에서 저항할 기력조차 빼앗긴 채, 리소나는 밖으로 나가는 것을 포기하고 말았다.

──어느 날, 그들의 형은 시험삼아 바구니 속에 고치를 집어넣었다.

리소나는 바깥 세계를 동경하며 오빠에게 물었다. "전 고치 밖으로 나갈 수 있을까요?"
유세이는 그 부리로 고치 껍질을 부술 수 있는 걸 깨달았다. "나갈 수 있어"
안전했던 바구니와 고치를 떠나 유세이와 리소나는 웃으며 같은 말을 입에 담았다. "둘이라면 여행을 떠날 수 있어"

필리아 여학원 일본 분교에 다닐 수 없게 된 유세이를 위해, 리소나는 파리의 본교로 유학을 제안한다.
유세이는 다시 서민 아가씨인 '코쿠라 아사히'가 되어, 리소나를 받드는 메이드로서 복식 전수 기관에 다니게 되었다.

파리에는 새로운 소녀들과의 만남이 있었다.
순진한 마음과 탁월한 재능을 두루 가진 '메릴',
그 주인이자 밝고 친절하게 두 명을 받아들이는 '블뤼에트',
동급생 '릴리안', 개성적인 유학생 '디틀린데', 그리고 그녀들을 섬기는 자들.

새로운 나라에서 여러 사람들과 만나며, 유세이 남매의 주종으로서의 생활이 시작되었다.
유세이=아사히는 자신의 꿈을, 리소나는 자립할 용기를 각각 좇는다.
그러나 모든 일이 잘 풀릴 리가 없고, 새로운 땅의 어려움, 둘을 놓친 이온과 오오쿠라 가의 추적이 들이닥친다.

과연 유세이 남매는, 서로의 소원을 받쳐주면서 무사히 학원 생활을 보낼 수 있을 것인가?

──꽃의 도시에서 나비가 춤춘다──

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