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인류가 두 번째 세계대전을 겪은 이후부터인지 세계 곳곳에서 초자연적인 힘이나 이형적인 외모를 가진 인간들이 확인되기 시작해,
그 힘과 특징을 『이능력』이라 부르게 되었고, 『이능력』을 가진 자를 『이능 보유자』라 부르게 되었다.

인류는 처음에는 『이능 보유자』들에게 동정적이었으나, 그 수가 늘어남에 따라 그들의 힘을 두려워하고, 멀리하고, 배척하는 움직임이 생겨,
『이능 보유자』들 역시 일부는 자신을 지키기 위해, 일부는 자신의 힘을 과시하기 위해 이능력을 이용해 인류와 싸우게 되고,
이러한 악순환으로 인해 각지에서 폭동과 범죄가 만연하고, 전 세계적으로 양측의 대립이 급속도로 심화되었다.

전 세계적인 인류와 이능력 보유자의 대립은 어느 순간부터 둑이 터진 듯 세계 곳곳에서 분쟁이 발생한다.
일본도 예외가 아니어서 인류와 『이능 보유자』 사이에 분쟁이 발발해,
정부 기능의 일시적 실종, 자위대 장교의 쿠데타 시도 등 동란의 시대를 맞이하게 되었다.

혼란스러운 국내 정세에 일본 정부는 새로운 치안 유지 기구로 인류와 『이능 보유자』가 모두 소속된 특수 기동대를 창설한다.
새로 창설된 특수 기동대 제2과 사령관으로 배치된 카시와비 아야토는 대원들과 함께 치안 유지에 힘쓴다.

특수 기동대가 창설되고 몇 년 후, 대원들의 활약으로 범죄율은 낮아지고 국내 치안은 소강상태를 유지하고 있었다.
잠시나마 평온을 되찾은 일본에서 특수 기동대 소속 대원들은 매일같이 이능력 범죄를 단속하기 위해 노력한다.

하지만 한 사건을 기점으로 이능력자에 의한 조직범죄가 증가하고, 그에 비례해 사람들의 불안감과 정부를 비난하는 목소리가 급속도로 높아졌다.
각자 의구심을 품은 채 사건을 처리하는 특공대원들.
결국 그들은 전국을 뒤덮은 거대한 음모에 휘말리게 되는데……

다시 시작된 인류와 이능보유자의 싸움, 무력 진압에 나서는 군대, 그리고 그 싸움을 진압하기 위해 출동하는 주인공 특수기동대.
각 세력이 뒤엉킨 위기 상황 속에서 각자의 정의와 고뇌가 교차하는 끝에 보이는 것은 무엇인가……

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